Claude Codeでファイルが散らかる原因と対策｜初心者向け3つのルール

Claude Code（クロードコード／パソコンの中で実際に作業をしてくれるAI）を使い始めてしばらくすると、「作業フォルダがファイルだらけになってきた…」と困ったことはありませんか。

結論からお伝えすると、Claude Codeでファイルが散らかる原因は、片付け不足ではなく「保存先が決まっていないこと」です。そのため、1回片付けるだけでは元に戻ってしまいます。効くのは、フォルダの使い方をCLAUDE.md（クロード・エムディー／Claudeが作業の最初に毎回読む指示書）に書いておくことです。

【要確認：経験談】Claude Codeをご紹介すると、「AIが勝手にファイルを作って、どこに行ったかわからなくなりそう」というご質問をよくいただきます。この記事では、私自身の作業フォルダで実際に起きたことをもとに、ファイルが散らかる本当の原因、散らからないための3つのルール、そしてClaude Codeに整理を頼むときの指示文までをまとめました。

Claude Codeでファイルが散らかるのは「保存先」が決まっていないから

直下に71個のファイルがたまっていました

【要確認：経験談】2026年8月末、私が普段Claude Codeで使っている作業フォルダを見直したところ、直下（フォルダを開いてすぐの、一番上の場所）に71個のファイルが並んでいました。そのうち23本はブログ記事の下書きです。

調べてみると、原因は私の片付け不足ではありませんでした。

原因は「スキル」の保存先が直下になっていたこと

原因は、スキル（決まった作業の手順をまとめて、Claudeに毎回同じやり方でやってもらうための手順書）の中身でした。

【要確認：経験談】ブログ記事を作るスキルの中で、保存先が「直下」になっていたのです。毎朝ブログ記事を1本作るたびに、直下にファイルが1つ増える仕組みになっていました。

つまり、どれだけ片付けても、仕組みがそのままなら1週間ほどで元に戻るということです。散らかりを止めるには、「片付ける」だけでなく「どこに保存するか」を決め直す必要があります。

スキルそのものについては、中身はたった3行。世界中で使われているAIスキル「grill me（グリルミー）」を初心者向けにやさしく解説で具体例とあわせて紹介しています。

指示がなければ、今いる場所に保存されやすい

スキルを使っていない場合も、考え方は同じです。Claude Codeは、あなたが開いたフォルダの中で作業します。「どこに保存するか」を伝えていなければ、そのとき作業している場所にファイルが作られやすくなります。

1回ずつは小さなことでも、毎日使っていると確実に積み重なります。

散らからないための3つのルール

ルール1：フォルダに番号を付けて「入れる場所」を先に決める

まずは、ファイルの行き先を決めます。おすすめはフォルダ名の頭に番号を付けることです。番号順に並ぶので、人が見てもClaudeが見ても迷いにくくなります。

たとえば、次のような分け方です。

フォルダ	入れるもの
01_仕事の資料	セミナー資料、提案書
02_ブログ・SNS	記事や投稿の下書き
03_お客様とのやりとり	見積もり、打ち合わせメモ
04_アイデア	思いついた企画、考えごとのメモ
90_アーカイブ	古いもの。消す前の置き場
99_それ以外	どこにも入らないもの

【要確認：経験談】私の作業フォルダも、仕事の種類ごとに番号付きの7つのフォルダに分けました。

ポイントは、「99_それ以外」を必ず作っておくことです。行き先が決まらないファイルの逃げ場があると、直下に置かれにくくなります。「99」がふくらんできたら、分け方を見直す合図です。

ルール2：CLAUDE.mdに「直下に置かない」と書く

フォルダを作っただけでは、Claudeはそのルールを知りません。そこでCLAUDE.mdの出番です。

CLAUDE.mdは、作業フォルダの一番上に置いておくと、そのフォルダでClaude Codeを使うたびに自動で読み込まれる指示書です。毎回「ここに保存してね」と言わなくても、最初からルールを知った状態で作業してくれます。

中身は、ふつうの文章で大丈夫です。たとえば次のように書きます。

# このフォルダの使い方

いちばん大事なルール：このフォルダの直下にファイルを置かない。

## フォルダの分担
- 01_仕事の資料：セミナー資料、提案書
- 02_ブログ・SNS：記事や投稿の下書き
- 90_アーカイブ：古いもの。消す前の置き場
- 99_それ以外：どこにも入らないもの

## Claudeへのお願い
- 新しくファイルを作るときは、必ず上のどれかのフォルダに入れてから「作りました」と報告する
- どこにも当てはまらないときは、直下に置かずに「どのフォルダがいいですか」と聞く

【要確認：経験談】私のCLAUDE.mdにも、最後の2行とほぼ同じ内容を書いています。

特に入れておきたいのが、最後の「迷ったら聞く」です。迷ったときの行き先を決めておかないと、結局いちばん手近な直下に置かれてしまうからです。

なお、Claude Codeの公式の説明でも、「きれいに整理しておく」のようなあいまいな書き方より、具体的な場所を書くほうが守られやすいとされています。また、長すぎると守られにくくなるため、1つのファイルにつき200行以内が目安です。

ルール3：スキルの保存先も一緒に直す

見落としやすいのがここです。スキルの中に「保存先」が書いてある場合、CLAUDE.mdだけを直しても、スキル側の古い指示とぶつかってしまいます。

公式の説明によると、書いてあることが食い違っていると、Claudeはどちらか一方を選んでしまうことがあるそうです。ルールを変えたら、スキルの中の保存先も同じ場所に直しておきましょう。

【要確認：経験談】私の場合も、フォルダを整理したタイミングで、ブログ記事を作るスキルの保存先を新しいブログ用フォルダに書き換えました。あわせて、別のスキルがファイルを探しに行く場所も直しています。

スキルの数が多くても、Claude Codeに「保存先が古い場所のままのスキルがないか調べて」と頼めば、探すところから任せられます。

Claude Codeに整理を頼むときの4ステップ（指示文つき）

ここからは、実際にClaude Codeに整理を任せるときの流れです。Claude Codeでほかにどんなことができるのかは、【2026年8月最新】Claude Code（クロードコード）活用事例7選｜プログラミングなしで「作業そのもの」を任せる使い方にまとめています。

ステップ1：まずは「提案だけ」してもらう

いきなりファイルを動かしてもらうのではなく、最初は計画だけを出してもらいます。

このフォルダの直下にあるファイルを一覧にして、どんなフォルダに分けるとよいか提案してください。まだファイルは動かさないでください。

Claude Codeのデスクトップアプリには、ファイルを一切変更せずに進め方だけを提案してくれる「Plan（計画）」モードもあります。心配な方は、入力欄の横でこのモードを選んでからお願いすると安心です。

ステップ2：動かしてはいけないフォルダを伝えてから仕分ける

提案に納得したら、仕分けをお願いします。このとき必ず、動かしてはいけないフォルダを伝えてください。

提案どおりに仕分けてください。ただし、次のフォルダは移動も名前の変更もしないでください：（フォルダ名）

スキルや自動化の設定は、フォルダの「住所（パス／パソコンの中でファイルがある場所を示す文字列）」を指定して動いていることがあります。そのフォルダを動かすと住所が変わり、スキルが動かなくなってしまいます。

【要確認：経験談】私のフォルダでも、スキルや設定が使っている12個のフォルダは、あえてそのままの場所に残しました。

ステップ3：決めたルールをCLAUDE.mdに書いてもらう

今回決めたフォルダの使い方をCLAUDE.mdに書いてください。「直下にファイルを置かない」「迷ったら聞く」の2つは必ず入れてください。

CLAUDE.mdは自分で一から書かなくても大丈夫です。できあがったら中身を読んで、言い回しを直したいところを伝えましょう。

ステップ4：スキルの保存先を確認してもらう

スキルの中で、ファイルの保存先や読み込み先が古い場所のままになっているものがないか調べて、新しいフォルダに合わせて直してください。

ファイルを動かしたら、スキルの中の住所も同時に直す。これで「片付けたのに1週間で元通り」を防げます。

整理するときの注意点

• 大事なファイルは先にコピーを取る：Claude Codeは説明するだけでなく、実際にファイルを動かします。仕事の書類が入っているフォルダなら、整理の前にコピーを取っておきましょう
• 消さずに「90_アーカイブ」へ移す：いらなそうに見えるファイルも、その場では消さずに一度アーカイブへ。あとで必要だったと気づいても取り戻せます
• 月に1回、直下をのぞく：CLAUDE.mdは、指示を強制的に守らせる仕組みではなく、あくまで「指示書」です。守られないこともあります

【要確認：経験談】実際、私もルールを書いてから2週間ほどで直下をのぞいたところ、新しいファイルが3つ出てきていました。資料づくりの途中でできた作業用のファイルなどです。月に1回見て、見つけたら仕分ける。これくらいの気持ちで続けるのがちょうどいいと感じています。

よくある質問

Q. CLAUDE.mdはどこに置けばいいですか？

A. 作業するフォルダの一番上に置きます。そのフォルダをClaude Codeで開くと、自動で読み込まれます。どのフォルダで作業するときにも守ってほしいこと（話し方の好みなど）は、パソコン全体用のCLAUDE.md（自分のユーザーフォルダの中にある「.claude」フォルダに置くもの）に書くこともできます。

Q. ルールを書いたのに、また直下に置かれてしまいます。

A. まずは、ルールを具体的にしてみてください。「整理して保存する」ではなく「ブログの下書きは02_ブログ・SNSに入れる」のように、ファイルの種類と行き先をセットで書くと守られやすくなります。スキルの中に古い保存先が残っていないかも、あわせて確認しましょう。

Q. 無料プランでもClaude Codeは使えますか？

A. 使えません。Pro以上の有料プランが必要です（2026年9月時点で、Proは月20ドル、年払いなら月17ドル相当）。パソコン用のClaudeアプリなら、黒い画面（ターミナル）を使わずに始められます。

まとめ

• Claude Codeでファイルが散らかる原因は、保存先が決まっていないこと。片付けるだけでは元に戻る
• 対策は3つ。番号付きフォルダで行き先を決める／CLAUDE.mdに「直下に置かない・迷ったら聞く」と書く／スキルの保存先も一緒に直す
• 整理は「提案だけしてもらう → 動かさないフォルダを伝えて仕分ける → ルールを書いてもらう → スキルを確認」の順で。そのあとは月1回、直下をのぞく

まずは今日、Claude Codeで使っている作業フォルダを開いて、直下にいくつファイルがあるか数えてみてください。思ったより多かったら、ステップ1の「提案だけしてください」から始めてみましょう。ファイルを1つも動かさずに、整理の設計図が手に入ります。

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この記事は、AI講師として累計350名以上に教えてきた Ryo（Nawa AI Lab）が書きました。

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